Analiza slike

Merjenje velikosti genoma s slikovno denzitometrijo

Velikost genoma merimo z mikroskopom z uporabo denzitometrije. DNA v jedrih je obarvana z reakcijo po Feulgen-u (s Schiffovim reagentom, ki se stehiometrično, kvantitativno veže na DNA). Jakost obarvanja, ki je sorazmerna s količino DNA v jedru, merimo kot absorbanco jedra, ki je povezana s količino svetlobe, ki jo jedro prepušča (transmisija, glej spodnjo sliko).

 

Transmitanca jeder Mikroskop za denzitometrično merjenje velikosti genoma (količine DNA)

Prikaz transmitance jeder - količina svetlobe, ki pride skozi jedro je sorazmerna z optično gostoto jedra (levo). Desno mikroskop za meritev velikosti genoma (količine DNA v jedrih) s slikovno denzitometrijo.

Endopolipolidija v zrnu Endopoliploidija v zrnu koruze

Endopoliploidija (somatska poliploidija) v zrnu teozinta (divji prednik koruze, levo) in v zrnu koruze divjega tipa in mn1 mutante (desno). Endopoliploidija je posledica endoreduplikacije - večkratna podvojitev jedrnega genoma, ki ji ne sledi mitotska delitev jedra in celice. Velikost jedrnega genoma merimo z metodo analize slike, slikovno denzitometrijo, na mediani histološki rezini skozi zrno teozinta oz. koruze, pobarvani po Feulgen-u. Na zgornji sliki so prikazani položaji jeder v rezini, barva predstavlja pripadnost razredu endopoliploidije, velikost simbolov pa je sorazmerna s premerom jeder v rezinah.

Metoda je uporabljena v članku: Dermastia M, Kladnik A, Dolenc Koce J, Chourey PS (2009) A cellular study of teosinte Zea mays subsp. parviglumis showing several processes conserved in maize. American Journal of Botany 96: 1789-1807.

Kolokalizacija

Analiza kolokalizacije je kvantifikacija prostorskega sovpadanja lokalizacije dveh ali večih različnih tarč v preparatu. Rezultat je navadno v obliki deleža prekrivanja signala v enem kanalu s signalom v drugem kanalu.

Kolokalizacija signala v rdečem in zelenem kanalu

Primer analize kolokalizacije signala v dveh kanalih za uporabo plugina Colocalisation Threshold, ki je del paketa MBF ImageJ (avtor Tony Collins, McMaster Biophotonics Facility), ki je temelji na priljubljenem programu za analizo slike ImageJ.

Metoda je uporabljena v članku: Bakrač in sod. (2010) A Toxin-based Probe Reveals Cytoplasmic Exposure of Golgi Sphingomyelin.  Journal of Biological Chemistry 285, 22186-22195.

 

 

Fluorescentno označeni nevroni v gangliju stenice
Fluorescentno označeni nevroni v gangliju stenice

Apotome, projekcija skladovnice optičnih rezin
(fotografija: Janez Prešern)

Listna reža v listu vinske trte
Listna reža v listu vinske trte

Presevni EM, CS: celična stena celice zapiralke, Š: škrobna zrna
(fotografija: M. Pompe Novak, M. Tušek, NIB)

Razvijajoče se zrno koruze
Razvijajoče se zrno koruze

Svetlobni mikroskop, fluorescenca, jedra barvana z DAPI (modro), jedra s poškodovano DNA pa s TUNEL reakcijo (zeleno)
(fotografija: Aleš Kladnik)