Na Oddelku za biologijo je mikroskopija pomemben del raziskovalnega dela. Raziskovalci imajo na voljo stereomikroskope, svetlobne mikroskope z različnimi kontrastnimi tehnikami in možnostjo analize slike, ter vrstični in presevni elektronski mikroskop.
Celice črevesnega epitela izopodnega raka Porcellio scaber posnete z različnimi mikroskopskimi tehnikami
Svetlobni mikroskop, A: svetlo polje, B: temno polje, C: diferenčni interferenčni kontrast (DIC), D: fluorescenca (UV ekscitacija), E: fluorescenca (modra ekscitacija), F: dvokanalna fluorescenca (združeni sliki D in E, psevdo barve)
Kalica tobaka (Nicotiana tabacum)
Stereomikroskop
Janthinobacterium sp.
Presevni EM, negativno kontrastiranje suspenzije