Zadnja sprememba: 17.11.2006

BIOKEMIJA- izbrana poglavja

 

Gregor Anderluh

Oddelek za biologijo, Biotehniška fakulteta, Večna pot 111, 1000 Ljubljana

 

3. 11. 2006; 14-17h

Uvod

 

Osnovni pojmi in koncepti v biokemiji. Hierarhičnost sistemov. Nekatere molekule in lastnosti. Aminokisline. Moderni metodološki pristopi.

 

http://www.wiley.com/legacy/college/boyer/0470003790/animations/animations.htm

 

Režim predavanj, razdelitev seminarjev.

7. 11. 2006; 14-17h

Bioenergetika

 

Termodinamski principi. Trije zakoni termodinamike. Kemijsko ravnotežje. Termodinamika fosfatnih spojin. Oksidoreduktivne reakcije.

 

  • ** Weber PC & Salemme FR (2003) Applications of Calorimetric Methods to Drug Discovery and the Study of Protein Interactions Curr. Opin. Struct. Biol. 13, 115-121. Mirjan Švagelj

 

http://www3.interscience.wiley.com:8100/legacy/college/boyer/0471661791/reviews/thermo/thermo_intro.htm

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=Books

http://www.shakespeare2ndlaw.com/

 

10. 11. 2006; 14-17h

Biološke membrane

 

Sestava bioloških membran. Organiziranost bioloških membran. Asimetrija bioloških membran. Hipoteza fluidnega mozaika. Hipoteza o lipidnih raftih. Eksperimentalni pristopi. Membranski proteini in njihove lastnosti.

  • Simons K & Ikonen E (1997) Functional rafts in cell membranes. Nature 387, 569-572. Karolina Ivičak (dodatek)

  • Munro S (2003) Lipid rafts: Elusive or illusive. Cell 115, 377-388. Urška Dermol

  • Lichtenberg D et al. (2005) Detergent-resistant membranes should not be identified with membrane rafts. TiBS 30, 430-436. Mojca Brunskole

  • Wimley WC & White SH (1996) Experimentally determined hydrophobicity scale for proteins at membrane interaces. Nature Struct. Biol. 3, 842-848. Borut Jerman

  • Ulmschneider MB & Sansom MSP (2001) Amino acid distributions in integral membrane protein structures. BBA 1512, 1-14. Katarina Logar

  • Kim H et al. (2006) A global topology map of the Saccharomyces cerevisiae membrane proteome. PNAS 103, 11142-11147. Tinka Hovnik

  • Kakhniashvilli DG et al. (2004) The human erythrocyte proteome. Moll. Cell. Proteomics 3.5, 501-509. Nina Klemenčič

16. 11. 2006; 14-17h

Oksidativna fosforilacija

 

Mitohondriji. Elektronski transport. Termodinamika elektronskega transporta. Komponente elektronskega transporta. Oksidativna fosforilacija. Protonski gradient. Mehanizem sinteze ATP.

  • Capaldi RA &Aggeler R (2002) Mechanism of the F1F0-type ATP synthase, a biological rotary motor. TiBS 27, 154-160. Blaž Banič   Dodatek

  • Tielens AGM et al. (2002) Mitochondria as we don't know them. TiBS27, 564-572. Mojca Bohar

  • Duchen MR (2004) Mitochondria in health and disease: perspectives on a new mitochondral biology. Molecular Aspects of Medicine 25: 365-451. Poglavje: Mitohondriji in nevrodegenerativne bolezni Helena Turk  Poglavje: Mitohondriji in celična smrt- nekroza, apopotoza in nekroptoza Barbara Šenk

17. 11. 2006; 14-17h

Fotosinteza

 

Kloroplasti. Reakcije svetlobne faze. Absorpcija svetlobe. Transport elektronov (pri fotosintetskih bakterijah in rastlinah). Fotofosforilacija. Reakcije temne faze. Kalvinov cikel.

  • Heathcote P (2002) Reaction centres: the structure and evolution of biological solar power. TiBS 27, 79-87. Katja Repnik

  • * Iwata S & Barber J (2004) Structure of photosystem II and molecular architecture of the oxygen-evolving centre. Curr. Opin. Struct. Biol. 14, 447-453. Peter Podbevšek

  • ** Scheuring S et al. (2005) Watching the components of photosynthetic bacterial membranes and their in situ organisation by atomic force microscopy BBA-Biomembranes 1712, 109-127. Lahko dva študenta. Jana Petkovič

 

Opombe

 

* Pri teh dveh člankih poskusite predstaviti 3D zgradbo omenjenih kompleksov. Pomagajte si s programi za vizualizacijo 3D struktur. Prikažite nazorno npr. podenote v različnih barvah, kofaktorje v CPK predstavitvi ,etc. Koordinate struktur poiščite v Protein Data Bank.

 

Programi za vizualizacijo 3D struktur:

VMD- Visual Molecular Dynamics

Molscript

DeepView / Swiss-PDBViewer

PyMOL

 

Protein Data Bank- podatkovna zbirka 3D struktur bioloških makromolekul

 

** Pri teh dveh člankih naj bo poudarek tudi na eksperimentalnih pristopih o katerih članki govorijo.

Kratka navodila za pripravo seminarjev